メインメニューでストーリーを選択すると遊ぶことができます。
ストーリーモードでは、プレイしているキャラクター毎に異なった物語を楽しむことができます。
2人プレイ時および2キャラクター選択時には、キャラクターの組み合わせによりストーリーが変化します。
カラドリウスの基礎となるスタンダードなモードです。
エレメントシュートを上手く使い、エンディングを目指しましょう。
全５ステージで、ミッションステージは発生しません。
全てのエレメントゲージが50%以上の時にL2ボタン
（または、エレメントシュートボタン３つ同時押し）を押すと
エレメントバーストが発動します。
弾消し＋画面全体攻撃を行い、弾消し後は、いずれかの
エレメントゲージが０になるまで画面全体攻撃を撃ち続けます。
キャラクター毎に全体攻撃の内容は異なります。
「スコアレート」とは、敵を倒した際の得点にかかる倍率の事です。
「スコアレート」は最初は1.00ですがエレメントシュートによって
敵を撃破すると上がっていきます。
オリジナルモードでは0.02％ずつ上昇し、撃破されると0に戻ります。
『カラドリウス ブレイズ』にて初登場のゲームモードです。
エボリューションモードでは新スコアシステム、新特殊攻撃に加え、
新ステージ(エクスターナルステージ)が追加されています。
新ステージを加えた全６ステージ+ミッションステージが発生します。
全てのエレメントゲージが50%以上の時にL2ボタン
（または、エレメントシュートボタン３つ同時押し）を押すと
エボリューションが発動します。発動時に画面全体の敵弾が消滅し、
通常ショットやエレメントシュートがパワーアップします。
特に防御型エレメントシュートは特殊弾も打ち消すようになります。
効果時間は各エレメントシュートのレベルが高いほど長くなります。
効果時間が終了すると、反動によりエレメントゲージが０になると共に、
一時的にエレメントシュートが使用できなくなります。
「スコアレート」とは、敵を倒した際の得点にかかる倍率の事です。
エボリューションモードではオリジナルモードより
2.5倍レートが上昇しやすいですが、
一定時間敵を撃破しないと徐々にレートが下がっていきます。
また、エボリューション発動中のみレートの減少開始が早くなりますが、
その代わり、エボリューション発動中に敵を倒すと、
通常時とは異なる得点の高い勲章メダルが放出されるようになります。
アーケード版『カラドリウスAC』を完全再現したゲームモードです。
特殊攻撃の「フュージョン」やスコアレートシステムの変更など
オリジナルモードと一風変わった遊び方ができます。
全５ステージ+ミッションステージが発生します。
全てのエレメントゲージが50%以上の時にL2ボタン
（または、エレメントシュートボタン３つ同時押し）を押すと
フュージョンが発動します。発動時に画面全体の敵弾が消滅して、
専用のゲージがなくなるまでエレメントシュートが撃ち放題になります。
ゲージの量は発動時の３つのエレメントゲージの合計値できまります。
「スコアレート」とは、敵を倒した際の得点にかかる倍率の事です。
アーケードモードではオリジナルモードより
2.5倍レートが上昇しやすいですが、
一定時間敵を撃破しないと徐々にレートが下がっていきます。
